Do tình hình đất nước luôn trong tình trạng chiến tranh, nhà Mạc rất chú trọng xây dựng lực lượng quân đội đủ mạnh để bảo vệ chính quyền.

Năm 1528, Mạc Thái Tổ sai phò mã Lâm quốc công Nguyễn Quốc Hiền và một số đại thần trong triều sửa đổi lại binh chế. Nhà Mạc tổ chức lại các vệ và ty quân sự. Trong cả nước được chia ra 4 vệ, ngoài 2 vệ Cẩm Y và Kim Ngô có từ trước, lập thêm 2 vệ là Hưng Quốc và Chiêu Vũ. Bốn vệ này thống lĩnh toàn bộ quân đội thường trực ở kinh thành và các trấn[1].

Bốn vệ chủ lực quân đội nhà Mạc bao gồm:

• Binh lính Hải Dương thuộc vệ Hưng Quốc
• Binh lính Kinh Bắc thuộc vệ Kim Ngô
• Binh lính Sơn Tây thuộc vệ Cẩm Y
• Binh lính Sơn Nam thuộc vệ Chiêu Vũ

Trên thực tế, trong phần lớn thời gian tồn tại, nhà Mạc chỉ kiểm soát được khu vực từ Ninh Bình trở ra, do đó nhân sự trưng tập đưa vào quân đội chủ yếu là người dân vùng Bắc Bộ. Bên dưới các vệ, nhà Mạc còn phân bổ cho các Ty, mỗi Ty đặt một viên chỉ huy sứ, một viên chỉ huy đồng tri, một viên chỉ huy thiêm sự, 10 viên trung hiệu, 1100 viên trung sĩ, chia làm 22 viên túc trực[2].

Sử sách để lại không còn nhiều tư liệu về việc tổ chức quân đội của nhà Mạc trong các chế độ trưng tập binh lính ở các địa phương, luyện tập, các binh chủng và vũ khí... Toàn bộ quân đội nhà Mạc lúc đông đảo nhất có 12 vạn quân[3]. Bản thân các vua Mạc từng nhiều lần thân chinh ra trận. Ngoài Mạc Thái Tổ xuất thân là võ tướng dựng nghiệp, các vua sau như Mạc Thái Tông, Mạc Hiến Tông, Mạc Mậu Hợp cũng thường xuyên tự làm tướng cầm quân giao tranh với các lực lượng chống đối, chủ yếu là quân nhà Lê trung hưng. Điều này được xem là một nét đặc thù nổi bật về tổ chức quân sự của nhà Mạc[4].